该寺所在的永宁县杨和乡纳家户村回族穆斯林以纳姓为多。元代延安王纳速刺丁任陕西平章政事，其四子分别以纳、苏、刺（拉）、丁为姓，纳家户之纳姓据信为纳速刺丁之后裔。今该寺院内的匾额记载曰：“吾家弃秦移居西夏，吾寺起建于明嘉靖年间。”
　
　　纳家户清真大寺始建于明嘉靖三年（1524），曾于清乾隆、同治年间两次遭受严重损毁，后陆续修复。现存建筑主要是清末重建的，“文革”中因被改作它用故未遭大的破坏。1984年群众集资加上政府拨款再次修复。该寺总占地面积约3300平方米，呈东西向长方形，由门楼、礼拜大殿、厢房、水房等四部分组成，是典型的中国传统四合院式建筑群。

　　门楼在该建筑群中最为醒目，俗称“邦克楼”，对面有照壁一块。“邦克楼” 面向东，为砖砌过洞式，类似城门，中间门洞存有石鼓两个。门楼中间高台上为三层重檐式建筑，称“望月楼”，高21米，为穆斯林斋月时登此楼眺望新月所用；而南北两侧的两座三层四角攒尖顶的建筑，才是真正的“邦克楼”，是昔日寺师傅每日五礼拜时敲梆子呼唤穆斯林礼拜时所用。院内有两株百年古槐，浓荫遮日。

　　清真寺的主体建筑即为礼拜大殿，前为面阔5间、飞檐斗拱的抱厦，后为三脊（歇山顶）、三卷（卷棚项）交错勾连搭的大殿。大殿阔7间2O米，进深暗9间。明12间43米，建筑面积95O多平方米，宽敞宏大，可同时容纳千余人礼拜。大殿内明柱林立，殿前及两侧廊柱环绕，共有柱子84根之多。大殿两边厢房中除南厢房较大者为会议、会客厅外，余皆为阿匐、满拉学习生活用房。沐浴室位于南厢房后侧，面积约24O平方米。

　　大殿前悬匾数块，分别为清道光年间陕甘总督杨遇春题“古教正宗”、清光绪年间武卫后军统领董福祥题“道本古初”、民国年间宁夏护军使马福祥题“清 真无二”及宁夏回族自治区人民政府主席黑伯理题“纳家户清真寺”。1938年，时任宁夏省主席的马鸿逵提倡中阿并进，曾在此寺内创办中阿初级讲习班。

　　1988年．纳家户清真寺被宁夏回族 自治区人民政府列为“全区重点文物保护单位”，现已成为宁夏有民族宗教特色的主要参观景点之一。